docs.healthdata.beDéfinition de la collecte des données du projet EPILABO (HDBP0037)
Les fichiers ci-dessous contiennent les spécifications de la définition de la collecte des données (Data Collection Definition - DCD) du projet Epilabo. Il s'agit d'une description détaillée du contenu de deux registres :
- Clinical Biology - Laboratory Test Results (nominative)
- Clinical Biology - Laboratory Test Results (pseudonymized)
avec hd, paramètres, sondage, choix (y compris les listes de codes généraux), change log, etc. Ces spécifications ont été utilisées pour créer les formulaires, les CSV et les API de ce projet que vous pouvez également trouver dans ce manuel de projet. Vous trouverez un guide détaillé de la norme XLSForm via ce lien.
En outre, des informations plus détaillées sur les codes et les formats utilisés pour le groupe d'auteurs, le numéro NISS, le statut, le code postal, la « date » - « date:heure », les champs répétables et les champs à choix multiples sont disponibles via ce lien.
(Des liens vers les nouvelles spécifications de la DCD qui seront publiées sur le portail FAIR seront ajoutés ci-dessous)
Ci-dessous le lien vers les spécifications actuelles de la DCD avec les noms des champs, les formats, les valeurs, les règles de validation, etc. :
Les spécifications de la DCD sont valables pour les deux flux de données suivants :
- le flux de données nominative pour la transmission des données de notifications obligatoires aux régions (AVIQ et Iriscare) ;
- le flux de données pseudonymized pour la transmission des données à la Région flamande (Zorg en Gezondheid).
Les données doivent être scindées en fonction du code postal du lieu de résidence du patient. La liste des codes postaux et leur relation avec les régions peut être téléchargée ci-dessous.
Informations supplémentaires spécifiques au projet Epilabo
- In addition to the DCD specifications you can download the test codes mapping table below. This table is used to map the test codes (Loinc codes) linked to the Pathogen (Snomed codes), Test method (Snomed codes) and Sample type fields (Snomed codes).
- Codes to be selected in case of missing information
In case of missing information (i.e. confidentiality of patient information for sexual transmitted diseases) for a required field, a “dummy” value needs to be entered. This allows the submission of the record without error message. A “dummy” code can be proposed to ensure consistency of the reporting field. See 'hint:English' column in the 'Survey' sheet of the XLSForm.
| Required field | Example | Dummy code |
|---|---|---|
| Date | Date of birth | 01/01/1900 |
| Date:time | Date and time of test result | 01/01/199:00:00:00 |
| Text | Patient name | NA |
- Codes to be selected in case of viral or bacterial culture
In case the field 'LaboratoryTestResult_LaboratoryTest_TestCode' is filled out with the code for a culture test = 11475-1: Microorganism identified in Specimen by Culture, then a pathogen SNOMED code from the 'qualifier_835 code list' needs to be entered in the field 'LaboratoryTestResult_LaboratoryTest_TestResultCodeableConcept'.
In all other cases, the codes "detected" or "inconclusive" or "Not detected" should be selected. See 'hint:English' column in the 'Survey' sheet of the XLSForm.
- Selection of the NIHDI codes from laboratories
In the frame of this Epilabo registry, the values for the HCO_LAB_CBE codelist should only contain the recognized laboratories by NIHDI. Therefore, the 8-digit NIHDI ID’s should be selected, not the 10-digit CBE codes.
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