De HIV_Sequence datacollectiedefinitie (HDBP0263)

In de onderstaande bestanden vindt u de Data Collectie Definitie (DCD) specificaties van het register HIV_Sequence. Het betreft een gedetailleerde beschrijving van de inhoud van de DCD's met veldnamen, formaten, codewaarden, validatieregels, helpteksten, foutmeldingen, vertalingen... Deze specificaties werden gebruikt om de formulieren en csv-bestanden voor dit project op te bouwen, die u ook in deze projecthandleiding kunt vinden.

1. Een metadatabestand met de informatie over de HIV-sequentieanalyse

• De URL naar de data collectie

• DCD-specificaties: HD_DCD_SPEC_REG0263_HIV_Sequence_v1.xlsx

2. Het CSV-bestand met de nucleotiden moet een bestand zijn dat slechts drie kolommen bevat, genaamd filenaam, recordnaam en genetic_sequence.

•  HD_DCD_SPEC_REG0263_HIV_Sequence_NucleotideSequenceSFTP_v1.xlsx

Records tussen beide bestanden zijn gekoppeld op basis van de velden 'filenaam' (TX_ATT genoemd in het metadatabestand en filenaam genoemd in het CSV-bestand met nucleotiden) en 'Recordnaam' (TX_ATT_RECRD genoemd in het metadatabestand en recordnaam genoemd in het CSV-bestand met nucleotiden). Deze velden moeten de volgende nomenclatuurconventie volgen en worden automatisch gegenereerd als u de RShiny-applicatie gebruikt die is ontwikkeld om u te helpen bij de gegevensvoorbereiding (zie https://collaboration.sciensano.be/sites/E1989/).

Filenaam: Dit veld wordt gebruikt als de eerste sleutel voor de koppeling tussen de gegevens die via HD4DP1 (patiënt- en monstergegevens) en SFTP (nucleotidesequentiegegevens) worden verzonden. Dit veld moet dezelfde waarde bevatten voor beide geüploade records om de koppeling “1 to many” toe te staan. Gebruik de volgende conventie: ARL_yyyymmddHHMMSS (naam van de ARL en datum-tijdstempel van het bestand, bijv. HSP_20240827092014). De naam van het csv-bestand met nucleotidesequenties die via SFTP worden verzonden, moet deze waarde hebben om te kunnen worden gekoppeld aan het record dat via HD4DP1 is geüpload (patiënt- en monstergegevens), bvb. HSP_20240827092014.csv.

Recordnaam: Dit veld wordt gebruikt als de tweede sleutel voor de koppeling tussen de gegevens die via HD4DP1 (patiënt- en monstergegevens) en SFTP (nucleotidesequentiegegevens) worden verzonden. Dit veld moet dezelfde unieke waarde bevatten voor beide geüploade records om de 1-op-1-koppeling mogelijk te maken. Gebruik de volgende conventie: ARL_yyyymmddHHMMSS_xxxxx (naam van de ARL, datum-tijdstempel van het bestand en een uniek 5-cijferig nummer, bijvoorbeeld HSP_20240827092014_00001).

Deze documentatie wordt regelmatig bijgewerkt. We proberen de informatie zo correct, volledig en zo duidelijk mogelijk weer te geven. Als u desondanks iets in de documentatie ziet dat niet correct is, niet overeenkomt met uw ervaring, of verdere verduidelijking vereist, maak dan een support ticket via ons portaal (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) of stuur ons een e-mail via support.healthdata@sciensano.be om dit documentatieprobleem te melden. Vergeet niet de URL of het webadres van de pagina met het documentatieprobleem te vermelden. Wij zullen de documentatie dan aanpassen. Bedankt!