In de onderstaande bestanden vindt u de Data Collectie Definitie (DCD) specificaties van het register HIV_Sequence. Het betreft een gedetailleerde beschrijving van de inhoud van de DCD's met veldnamen, formaten, codewaarden, validatieregels, helpteksten, foutmeldingen, vertalingen... Deze specificaties werden gebruikt om de formulieren en csv-bestanden voor dit project op te bouwen, die u ook in deze projecthandleiding kunt vinden.

1. Een metadatabestand met de informatie over de HIV-sequentieanalyse

• De URL naar de data collectie

• DCD-specificaties: HD_DCD_SPEC_REG0263_HIV_Sequence_v1.xlsx

2. Het CSV-bestand met de nucleotiden moet een bestand zijn dat slechts drie kolommen bevat, genaamd filenaam, recordnaam en genetic_sequence.

•  HD_DCD_SPEC_REG0263_HIV_Sequence_NucleotideSequenceSFTP_v1.xlsx

Records tussen beide bestanden zijn gekoppeld op basis van de velden 'filenaam' (TX_ATT genoemd in het metadatabestand en filenaam genoemd in het CSV-bestand met nucleotiden) en 'Recordnaam' (TX_ATT_RECRD genoemd in het metadatabestand en recordnaam genoemd in het CSV-bestand met nucleotiden). Deze velden moeten de volgende nomenclatuurconventie volgen en worden automatisch gegenereerd als u de RShiny-applicatie gebruikt die is ontwikkeld om u te helpen bij de gegevensvoorbereiding (zie https://collaboration.sciensano.be/sites/E1989/).

Filenaam: Dit veld wordt gebruikt als de eerste sleutel voor de koppeling tussen de gegevens die via HD4DP1 (patiënt- en monstergegevens) en SFTP (nucleotidesequentiegegevens) worden verzonden. Dit veld moet dezelfde waarde bevatten voor beide geüploade records om de koppeling “1 to many” toe te staan. Gebruik de volgende conventie: ARL_yyyymmddHHMMSS (naam van de ARL en datum-tijdstempel van het bestand, bijv. HSP_20240827092014). De naam van het csv-bestand met nucleotidesequenties die via SFTP worden verzonden, moet deze waarde hebben om te kunnen worden gekoppeld aan het record dat via HD4DP1 is geüpload (patiënt- en monstergegevens), bvb. HSP_20240827092014.csv.

Recordnaam: Dit veld wordt gebruikt als de tweede sleutel voor de koppeling tussen de gegevens die via HD4DP1 (patiënt- en monstergegevens) en SFTP (nucleotidesequentiegegevens) worden verzonden. Dit veld moet dezelfde unieke waarde bevatten voor beide geüploade records om de 1-op-1-koppeling mogelijk te maken. Gebruik de volgende conventie: ARL_yyyymmddHHMMSS_xxxxx (naam van de ARL, datum-tijdstempel van het bestand en een uniek 5-cijferig nummer, bijvoorbeeld HSP_20240827092014_00001).

Deze documentatie wordt regelmatig bijgewerkt. We proberen de informatie zo correct, volledig en zo duidelijk mogelijk weer te geven. Als u desondanks iets in de documentatie ziet dat niet correct is, niet overeenkomt met uw ervaring, of verdere verduidelijking vereist, maak dan een support ticket via ons portaal (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) of stuur ons een e-mail via support.healthdata@sciensano.be om dit documentatieprobleem te melden. Vergeet niet de URL of het webadres van de pagina met het documentatieprobleem te vermelden. Wij zullen de documentatie dan aanpassen. Bedankt!

Hieronder beschrijven we de HIV_Sequence dataflow tussen de data provider en het healthdata.be platform.

Voor het register “HIV-sequentie” zal de basisarchitectuur 1.0 van healthdata.be gebruikt worden zoals weergegeven in figuur 1.

De gegevens van het laboratorium zullen worden ingevoerd in HD4DP1. Pseudonimisering zal plaatsvinden bij eHealth.

Figure 1: Data flow voor de HIV Sequence registratie