Registry Next-Generation-Sequencing tests for oncology

Registry Next-Generation-Sequencing tests for oncology

Bienvenue sur les pages de documentation technique du projet « Registry Next-Generation-Sequencing tests for oncology (NGS) », fournies par le service healthdata.be (Sciensano).

Ces pages fournissent des informations sur les processus techniques du projet. Les sections suivantes sont (seront) fournies :

Pour obtenir des informations scientifiques sur le projet, veuillez contacter l'organisation principale qui supervise la mise en œuvre du projet (voir la section « Informations générales sur le projet »).

Cette documentation est encore en construction. Nous essayons de présenter les informations aussi correctes, complètes et aussi claires que possible. Cependant, si vous voyez un élément dans la documentation qui est incorrect, ne correspond pas à votre expérience ou nécessite des éclaircissements supplémentaires, veuillez créer ticket support via notre portail (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) ou nous envoyer un e-mail à support.healthdata@sciensano.be pour signaler ce problème de documentation. N'oubliez pas d'inclure l'URL ou l'adresse Web de la page avec le problème de documentation. Nous ajusterons ensuite la documentation. Merci!
johanvanbussel mar 17/12/2024 - 15:06

Informations générales sur le projet NGS

Informations générales sur le projet NGS

Nom du projet

Registry Next-Generation-Sequencing tests for oncology

Abréviation du projet

NGS 

Code du projet

HDBP0064

Organisation principale qui supervise la mise en œuvre du projet

  • Sciensano

Organisation partenaire qui participe au projet

  • Non disponible

Organisation qui a commandité ce projet

  • Institut national d'assurance maladie-invalidité (RIZIV-INAMI)

Organisation qui apporte un soutien financier ou matériel

  • Institut national d'assurance maladie-invalidité (RIZIV-INAMI)

Brève description du projet

L’objectif général du projet « Next Generation Sequencing » (NGS) est l’introduction progressive de la technologie NGS dans le dépistage de routine du cancer sur une période de cinq ans. La collecte des données du projet NGS peut constituer une plus-value importante, tant pour la garantie de qualité, le Health Technology Assessment (HTA), l'évaluation des techniques de santé, l’optimisation des mécanismes de remboursement, les recherches futures que pour les applications dans le secteur clinique et de la santé publique.

Les finalités spécifiques du projet NGS sont les suivantes : d’abord, vérifier la portée des tests utilisés, tels que décrits par l’INAMI dans la convention NGS. Ces tests seront repris dans les codes de la nomenclature de l’article 33 et l’article 33bis relatifs aux examens génétiques.

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:15

La collecte des données du projet NGS

La collecte des données du projet NGS

Organisations et/ou personnes qui fournissent des données

Laboratoires participants en oncologie et en hémato-oncologie

Date du début de la collecte des données

01/07/2019

Date de fin de la collecte des données

En cours

Périodicité de la collecte des données

En continu

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:17

Définition de la collecte des données du projet NGS (HDBP0064)

Définition de la collecte des données du projet NGS (HDBP0064)

Dans le fichier ci-dessous vous pouvez trouver les spécifications de la Définition de la Collecte des Données (DCD, data collection definition) du projet NGS. Il s'agit d'une description détaillée du contenu d'une DCD avec les noms des champs, les formats, les valeurs, les règles de validation, les textes d'aide, les textes d'avertissement, les traductions, etc. Ces spécifications ont été utilisées pour créer les formulaires, les CSV et les API de ce projet que vous pouvez également trouver dans ce manuel de projet.

Cette documentation est encore en construction. Nous essayons de présenter les informations aussi correctes, complètes et aussi claires que possible. Cependant, si vous voyez un élément dans la documentation qui est incorrect, ne correspond pas à votre expérience ou nécessite des éclaircissements supplémentaires, veuillez créer ticket support via notre portail (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) ou nous envoyer un e-mail à support.healthdata@sciensano.be pour signaler ce problème de documentation. N'oubliez pas d'inclure l'URL ou l'adresse Web de la page avec le problème de documentation. Nous ajusterons ensuite la documentation. Merci!

Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 15:39

Description du flux de données du projet NGS

Description du flux de données du projet NGS

Nous décrivons ci-dessous (à haut niveau) le flux de données du projet NGS entre le fournisseur de données et la plateforme healthdata.be

Seules les parties en gris sont pertinentes pour ce projet : la collecte des données se fait exclusivement via HD4DP, les données sont ensuite envoyées à HD4RES via le codage eHBox et passent ainsi vers le datawarehouse de healthdata.be. Les « mutations exploitables » contenues dans les fichiers VCF sont transmises via HD4BCR au Belgian Cancer Registry sur la plateforme technique des enregistrements au moyen du décodage eHBox.

Bart.Servaes lun 25/11/2024 - 08:36

HD4DP v1

HD4DP v1 Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:17

Description générale de l'application HD4DP v1

Description générale de l'application HD4DP v1

HD4DP v1 est une application locale développée par healthdata.be (Sciensano) et installée sur l'infrastructure informatique de votre organisation ou sur celle de votre organisation partenaire. L'application vous permet d'extraire des données du système primaire et de les intégrer dans un ou plusieurs projet(s) de collectes de données.

L'application locale HD4DP v1 est accessible via un navigateur web, tel qu'Internet Explorer ou Chrome. Le lien est spécifique à chaque organisation en fonction du serveur sur lequel l'application est exécutée.

Les questions auxquelles il n'est pas possible de répondre avec les données des systèmes primaires peuvent être traitées manuellement dans des formulaires électroniques (« pré-remplis »). L'objectif est de mettre autant d'éléments pré-remplis dans autant de documents que possible.

Une fois les enregistrements terminés, les données peuvent être transférées vers la plateforme centrale de données healthdata.be. Pour ce transfert, HD4DP v1 se connecte au logiciel de messagerie ehealth du fournisseur de données. Les documents sont gérés de manière centralisée par le biais de métadonnées.

L'accès à l'application HD4DP v1 est décrit ici.

Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 11:33

Manuel d'utilisation de l'application HD4DP v1

Manuel d'utilisation de l'application HD4DP v1 Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:18

Demander un compte pour HD4DP v1

Demander un compte pour HD4DP v1

Pour accéder à l'application HD4DP v1, vous devez disposer d'un compte, d'un nom d'utilisateur et d'un mot de passe. Si vous n'avez pas de compte, vous pouvez en demander un en contactant healthdata.be à l'adresse support.healthdata@sciensano.be. Si vous disposez d'un compte, suivez les instructions ci-dessous.

  • Ouvrez le lien vers l'application HD4DP v1. Vous verrez l'écran ci-dessous :

    Si vous ne connaissez pas le lien de l'application HD4DP v1 sur le serveur de votre organisation, contactez healthdata.be à l'adresse support.healthdata@sciensano.be pour obtenir le lien. Le lien est spécifique à chaque organisation en fonction du serveur sur lequel tourne l'application HD4DP.
  • Cliquez sur le lien Demander un compte sur la page de connexion.
  • Remplissez le formulaire de demande :
    • Entrez un nom d'utilisateur, prénom, nom de famille et une adresse e-mail
    • Sélectionnez l'organisation et la/les collecte(s) de données
    • Remplissez le champ Adresse e-mail du demandeur si une personne demande un compte pour une tierce personne
    • Soumettez la demande en utilisant le bouton Demande
  • Des e-mails de confirmation sont envoyés à la personne pour laquelle le compte a été demandé ainsi qu'au demandeur, si le champ « Adresse e-mail du demandeur » a été rempli.
  • L'approbation ou le rejet du compte d'utilisateur est confirmé par e-mail. En fonction de votre organisation, cela peut prendre quelques heures.
    • Cette action sera effectuée par un administrateur HD4DP v1 de votre organisation
    • L'e-mail de confirmation contiendra toutes les informations nécessaires pour vous connecter

Se connecter

La connexion à l'application HD4DP v1 se fait en 3 étapes :

  • Saisissez votre nom d'utilisateur et votre mot de passe dans les champs appropriés
  • Sélectionnez la bonne organisation
  • Cliquez sur « Se connecter »
Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 11:32

Créer un enregistrement dans HD4DP v1

Créer un enregistrement dans HD4DP v1

L'onglet Enregistrements conduit l'utilisateur aux registres existants. Un utilisateur peut commencer à collecter des données à partir de cet onglet.

La création et la soumission d'un enregistrement se fait en 4 étapes :

  • Sélectionnez le registre pour créer un enregistrement

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Cliquez sur le bouton « Nouvel enregistrement »
  • Remplissez le formulaire d'enregistrement et sauvez ou envoyez l'enregistrement
  • Sauvegardez l'enregistrement temporairement si nécessaire. Le statut de l'enregistrement sera « Ouvert » pour les enregistrements sauvegardés
  • Soumettez l'enregistrement si aucune erreur de validation n'est présente. Le statut de l'enregistrement deviendra « Envoi en cours »
  • Lorsque l'enregistrement a été traité, le statut devient « Envoyé »

Dès qu'un enregistrement est envoyé, la colonne « statut de confirmation » affiche « Pending ».

  • Il affiche « OK » lorsque l'enregistrement est arrivé, et « NOK » si l'enregistrement n'est pas arrivé dans les 48 heures. Si le statut est « NOK », le logiciel essaiera automatiquement de renvoyer l'enregistrement jusqu'à 10 jours après la soumission initiale.
  • Pour les statuts « Envoi en cours », « Corrections nécessaires » et « Approuvé », le statut de confirmation sera vide car l'enregistrement n'a pas encore été soumis.
  • Un enregistrement peut être « Réouvert » si nécessaire, tant que le statut de l'enregistrement est « Envoyé ».
Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 11:32

Modifier un enregistrement dans HD4DP v1

Modifier un enregistrement dans HD4DP v1

Un utilisateur peut modifier et compléter un enregistrement en 4 étapes :

  • Sélectionnez le registre pour lequel vous souhaitez modifier un ou plusieurs enregistrement(s)

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Cliquez sur l'enregistrement qui doit être modifié et remplissez le formulaire. Le statut du dossier sera :
    • « Ouvert » pour les enregistrements qui ont été sauvegardés manuellement ou en téléchargeant un CSV
    • « Corrections nécessaires » pour les enregistrements comportant des erreurs
  • Sauvegardez l'enregistrement temporairement si nécessaire. Le statut de l'enregistrement sera « Ouvert » pour les enregistrements sauvegardés
  • Soumettez l'enregistrement si aucune erreur de validation n'est présente
    • L'état de l'enregistrement passe à « Envoi en cours »
  • Lorsque l'enregistrement a été traité, le statut devient « Envoyé »

Dès qu'un enregistrement est envoyé, la colonne « statut de confirmation » affiche « Pending ».

  • Il affiche « OK » lorsque l'enregistrement est arrivé, et « NOK » si l'enregistrement n'est pas arrivé dans les 48 heures. Si le statut est « NOK », le logiciel essaiera automatiquement de renvoyer l'enregistrement jusqu'à 10 jours après la soumission initiale.
  • Pour les statuts « Envoi en cours », « Corrections nécessaires » et « Approuvé », le statut de confirmation sera vide car l'enregistrement n'a pas encore été soumis.
  • Un enregistrement peut être « Réouvert » si nécessaire, tant que le statut de l'enregistrement est « Envoyé ».
Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 11:31

Supprimer un enregistrement dans HD4DP v1

Supprimer un enregistrement dans HD4DP v1

Seuls les enregistrements qui sont dans le statut « ouvert » et « corrections nécessaires » peuvent être supprimés.

Les étapes suivantes sont nécessaires pour supprimer l'enregistrement :

  • Sélectionnez le registre et la version pour lesquels vous devez supprimer un enregistrement

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Sélectionnez l'/les enregistrement(s) que vous souhaitez supprimer
  • Sélectionnez le bouton « Actions » et choisissez l'option « Supprimer enregistrements »
  • Sélectionnez « oui » pour confirmer
Bart.Servaes jeu 09/01/2025 - 11:30

Manuel technique de l'application HD4DP v1

Manuel technique de l'application HD4DP v1 Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:19

Téléchargement de CSV dans HD4DP v1

Téléchargement de CSV dans HD4DP v1

Le contenu de cette page n'est disponible qu'en anglais. Sélectionnez le bouton de la langue EN dans le coin supérieur droit de l'écran pour le consulter.

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:20

Créer un CSV pour HD4DP v1

Créer un CSV pour HD4DP v1

Le contenu de cette page n'est disponible qu'en anglais. Sélectionnez le bouton de la langue EN dans le coin supérieur droit de l'écran pour le consulter.

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:21

Téléchargement et chargement de CSV pour les données stables

Téléchargement et chargement de CSV pour les données stables

Le contenu de cette page n'est disponible qu'en anglais. Sélectionnez le bouton de la langue EN dans le coin supérieur droit de l'écran pour le consulter.

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:21

Service de support de healthdata.be

Service de support de healthdata.be

Le Service Desk de healthdata.be (Sciensano) aide les utilisateurs de nos applications et services et traite les demandes et problèmes lorsqu'ils surviennent.

Le Service Desk se concentre sur les services gérés par nos services informatiques (HD4DP, HD4RES, healthstat.be,…) et vous aide avec les comptes et les mots de passe. Pour toute question sur le contenu et les objectifs des projets, nous vous invitons à vous adresser aux organismes de recherche responsables.

Pour un traitement plus efficace de votre demande, nous vous conseillons d'utiliser notre portail de services : https://sciensano.service-now.com/sp.

Veuillez trouver ci-dessous les heures d'ouverture de notre service de support :

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:22

Comment signaler un incident

Comment signaler un incident

Le service healthdata.be (Sciensano) traite chaque rapport d'incident selon une procédure opérationnelle standard (POS). Une version publique de cette POS « HD Incident Management Process » est également disponible sur ce portail : docs.healthdata.be.

Pour soumettre un incident lié aux projets et applications en production, et facilités ou gérés par le service healthdata.be de Sciensano, vous devez d'abord vous connecter au portail Services et Support de HD.

Après l'étape de connexion, vous arriverez sur la page principale du portail.

Sur la page principale, vous devez sélectionner « Obtenir de l'aide ».

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:22

Comment faire une demande d'information sur HD

Comment faire une demande d'information sur HD

Pour soumettre une demande sur la plateforme healthdata.be, vous devez d'abord vous connecter au portail Services et Support de HD: Jira Service management (JSM) portal.

Après l'étape de connexion, vous arriverez sur la page principale du portail.

Sur la page principale, vous devez sélectionner « Demander quelque chose ».

Bart.Servaes mar 03/12/2024 - 15:23

Politique de sécurité des e-mails

Politique de sécurité des e-mails

QUEL EST LE PROBLÈME ?

Nous bloquons les e-mails de votre organisation parce que la configuration de vos services de messagerie et/ou de DNS peut permettre aux spammeurs/pirates informatiques d'en abuser. Plus précisément, votre configuration actuelle permet à d'autres expéditeurs d'usurper l'identité de votre organisation en leur permettant d'imiter le « Header From» de l'e-mail de votre organisation.

En d'autres termes, ils peuvent envoyer des messages de phishing et de spam qu'il est impossible de distinguer des e-mails authentiques de votre organisation.

Si vous êtes responsable de la gestion de votre infrastructure TIC, lisez ce qui suit. Sinon, transmettez ce message à votre département TIC ou au service TIC qui gère votre infrastructure TIC.

COMMENT RÉSOUDRE LE PROBLÈME ?

Vous devez vérifier que votre configuration répond aux exigences de sécurité du « Sender Alignment ». Plus précisément, vos services de messagerie et votre DNS doivent être configurés conformément aux normes TIC.

Ces configurations sont courantes, bien documentées et prises en charge par les hébergeurs :

Nous avons constaté que ce problème est fréquent dans les organisations qui ont déplacé leur infrastructure TIC vers des services en Cloud tels que Microsoft (O365), Amazon, Google et MS Azure sans configurer correctement l'infrastructure TIC (qui n'est pas gérée par ces fournisseurs).

Les configurations et les recommandations doivent être mises en œuvre sur l'infrastructure TIC du client, qu'elle soit interne ou externe. Les DNS et les services de messagerie sont les principales plateformes TIC pour ces actions.

L'UTILISATION DE DIFFÉRENTS DOMAINES LORS DE L'ENVOI D'E-MAILS

Les e-mails contiennent une « Envelope From » et un « Header From ». Les deux doivent correspondre pour éviter que l'e-mail ne soit bloqué.

Quelques exemples :

1. Un service public utilise son nouveau nom de domaine dans le « Header From » en son ancien nom de domaine dans l'« Envelope From ».

  • Envelope From = noreply@publicservice.fgov.be
  • Header From = noreply@publicservice.belgium.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

Remarque : Comme il s'agit d'une adresse « noreply », l'expéditeur ne remarquera même pas que l'e-mail est rejeté.

2. Une organisation utilise un service Cloud (Freshservice) pour son outil d'assistance et l'« Envelope From » n'a pas été modifié.

• Envelope From = bounces+us.3.52773-helpdesk=organisation.be@emailus.freshservice.com
• Header From = helpdesk@organisation.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

3. Une entreprise utilise un service Cloud (Amazon SES) pour envoyer la notification de l'envoi et « Envelope From » n'a pas été modifié.

  • Envelope From = 01020188573f374-96de6437-9134-45f4-8aa6-3e9ac18d5848-000000@euwest-1.amazonses.com
  • Header From = noreply@company.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

Jonas.VanBussel ven 04/08/2023 - 11:43