Belgian HIV Sequence Registry

Belgian HIV Sequence Registry

Bienvenue sur les pages de documentation technique du projet « Belgian HIV Sequence Registry », fournies par le service healthdata.be (Sciensano).

Ces pages fournissent des informations sur les processus techniques du projet. Les sections suivantes sont (seront) fournies :

Pour obtenir des informations scientifiques sur le projet, veuillez contacter l'organisation principale qui supervise la mise en œuvre du projet (voir la section « Informations générales sur le projet »).

Cette documentation est encore en construction. Nous essayons de présenter les informations aussi correctes, complètes et aussi claires que possible. Cependant, si vous voyez un élément dans la documentation qui est incorrect, ne correspond pas à votre expérience ou nécessite des éclaircissements supplémentaires, veuillez créer ticket support via notre portail (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) ou nous envoyer un e-mail à support.healthdata@sciensano.be pour signaler ce problème de documentation. N'oubliez pas d'inclure l'URL ou l'adresse Web de la page avec le problème de documentation. Nous ajusterons ensuite la documentation. Merci!

Adelaide.DAmore mer 20/11/2024 - 16:16

Information générales sur le projet HIV_Sequence

Information générales sur le projet HIV_Sequence

Nom du projet

HIV-AIDS Sequence Registry

Abréviation du projet

HIV_Sequence

Code du projet

HDBP0263

Organisation principale qui supervise la mise en œuvre du projet

  • Sciensano

Organisation partenaire participant au projet

  • Non disponible

Organisation qui a commandité ce projet

  • Institut national d'assurance maladie-invalidité (INAMI)

Organisation fournissant un soutien monétaire ou matériel

  • Institut national d'assurance maladie-invalidité (INAMI)

Brève description du projet

Le service d’épidémiologie des maladies infectieuses de Sciensano recueille des données à caractère personnel pseudonymisées en vue du suivi du nombre d’analyse et le suivi des patients VIH. Ces données proviendront des laboratoires de référence SIDA et des centres de référence VIH/SIDA conventionnés.

La séquence de nucléotides du virus VIH sont nécessaires pour analyser l'épidémiologie de la résistance aux médicaments antirétroviraux en fonction des caractéristiques des personnes séropositives. À cette fin, les séquences de VIH collectées dans les laboratoires de référence pour le sida doivent être interprétées en termes de présence de résistance.

Adelaide.DAmore mer 27/11/2024 - 15:08

La collecte des données du projet HIV_Sequence

La collecte des données du projet HIV_Sequence

Organisations et/ou individus qui fournissent des données

81170489INSTITUUT TROPISCHE GENEESKUNDE - KLINISCH REFERENTIELABORATORIUM
71014391UNIVERSITAIR ZIEKENHUIS BRUSSEL
71032209UNIVERSITAIRE ZIEKENHUIZEN K.U.L.
71040622HOPITAL ERASME (ULB)
71007661CENTRE HOSPITALIER UNIV. ST.-PIERRE
71070712CENTRE HOSPITALIER UNIVERSITAIRE DE LIEGE - SART TILMAN
0248015142UNIVERSITEIT GENT
0419052272UNIVERSITÉ CATHOLIQUE DE LOUVAIN

Date de début de la collecte des données

19/05/2025

Date de fin de la collecte des données

Pas de date de fin

Périodicité de la collecte des données

En continu

Adelaide.DAmore lun 19/05/2025 - 14:49

Définition de la Collecte des Données du projet HIV_Sequence (HDBP0263)

Définition de la Collecte des Données du projet HIV_Sequence (HDBP0263)

Dans les fichiers ci-dessous, vous trouverez les spécifications de la définition de la collecte des données (Data collection Definition - DCD) du registre HIV_Sequence. Il s'agit d'une description détaillée du contenu des DCD avec les noms des champs, les formats, les valeurs, les règles de validation, les textes d'aide, les messages d'erreur, les traductions, etc. Ces spécifications ont été utilisées pour élaborer les formulaires et les fichiers csv pour ce projet, que vous pouvez également trouver dans ce manuel de projet.

  1. Un fichier de métadonnées contenant les informations relatives à l'analyse du registre HIV_Sequence:

2. Le fichier CSV contenant les nucléotides doit être un fichier ne contenant que trois colonnes : « filename », « recordname » et « genetic_sequence ».

HD_DCD_SPEC_REG0263_HIV_Sequence_NucleotideSequenceSFTP_v1.xlsx

Les enregistrements entre les deux fichiers sont liés sur la base des champs « File name » (appelé TX_ATT dans le fichier de métadonnées et appelé « filename » dans le fichier CSV avec nucléotides) et « Record name » (appelé TX_ATT_RECRD dans le fichier de métadonnées et appelé « recordname » dans le fichier CSV avec nucléotides). Ces champs doivent suivre la convention de nomenclature suivante et sont automatiquement générés si vous utilisez l'application RShiny qui a été développée pour vous aider dans la préparation des données (voir https://collaboration.sciensano.be/sites/E1989/).

Nom du fichier : ce champ est utilisé comme première clé de liaison entre les données envoyées par HD4DP1 (données sur les patients et les échantillons) et SFTP (données sur les séquences nucléotidiques). Ce champ doit contenir la même valeur pour les deux enregistrements téléchargés afin de permettre le lien « 1 to 1 ». Veuillez utiliser cette convention : ARL_yyyymmddHHMMSS (nom de l'ARL et date et heure du fichier, par exemple HSP_20240827092014). Le nom du fichier csv contenant les séquences nucléotidiques envoyé par SFTP doit avoir cette valeur afin d'être lié à l'enregistrement téléchargé via HD4DP1 (données sur le patient et l'échantillon), par exemple : HSP_20240827092014.csv.

Nom de l'enregistrement : ce champ est utilisé comme deuxième clé de liaison entre les données envoyées par HD4DP1 (données sur les patients et les échantillons) et SFTP (données sur les séquences nucléotidiques). Ce champ doit contenir la même valeur unique pour les deux enregistrements téléchargés afin de permettre le lien « 1 to 1 . Veuillez utiliser cette convention : ARL_yyyymmddHMMSS_xxxxx (nom de l'ARL, date et heure du fichier et un numéro unique à 5 chiffres, par exemple : HSP_20240827092014_00001).

Cette documentation est encore en construction. Nous essayons de présenter les informations aussi correctes, complètes et aussi claires que possible. Cependant, si vous voyez un élément dans la documentation qui est incorrect, ne correspond pas à votre expérience ou nécessite des éclaircissements supplémentaires, veuillez créer ticket support via notre portail (https://healthdatabe.atlassian.net/servicedesk/customer/portals) ou nous envoyer un e-mail à support.healthdata@sciensano.be pour signaler ce problème de documentation. N'oubliez pas d'inclure l'URL ou l'adresse Web de la page avec le problème de documentation. Nous ajusterons ensuite la documentation. Merci!

Adelaide.DAmore mar 03/06/2025 - 09:45

Description du flux de données du projet HIV_Sequence

Description du flux de données du projet HIV_Sequence

Nous décrivons ci-dessous (à haut niveau) le flux de données du projet HIV_Sequence entre le fournisseur de données et la plateforme healthdata.be.

(source: DPD 01/2025)

Pour le registre « HIV_Sequence », l'architecture de base 1.0 de healthdata.be sera utilisée, comme le montre la figure 1.

Les données du laboratoire seront introduites dans HD4DP1. La pseudonymisation se fera au niveau d'eHealth.

Figure 1: Flux de données utilisé pour le registre HIV_Sequence

Adelaide.DAmore mar 20/05/2025 - 09:16

HD4DP v1

HD4DP v1

Un manuel d'utilisation complet, destiné tant aux organismes de soins de santé participants qu'à leurs fournisseurs de services informatiques, est disponible sur le portail de documentation de HD : https://docs.healthdata.be/hd4dp-v1.

Adelaide.DAmore jeu 05/12/2024 - 13:30

Description générale de l'application HD4DP v1

Description générale de l'application HD4DP v1

HD4DP v1 est une application locale développée par healthdata.be (Sciensano) et installée sur l'infrastructure informatique de votre organisation ou sur celle de votre organisation partenaire. L'application vous permet d'extraire des données du système primaire et de les intégrer dans un ou plusieurs projet(s) de collectes de données.

L'application locale HD4DP v1 est accessible via un navigateur web, tel qu'Internet Explorer ou Chrome. Le lien est spécifique à chaque organisation en fonction du serveur sur lequel l'application est exécutée.

Les questions auxquelles il n'est pas possible de répondre avec les données des systèmes primaires peuvent être traitées manuellement dans des formulaires électroniques (« pré-remplis »). L'objectif est de mettre autant d'éléments pré-remplis dans autant de documents que possible.

Une fois les enregistrements terminés, les données peuvent être transférées vers la plateforme centrale de données healthdata.be. Pour ce transfert, HD4DP v1 se connecte au logiciel de messagerie ehealth du fournisseur de données. Les documents sont gérés de manière centralisée par le biais de métadonnées.

L'accès à l'application HD4DP v1 est décrit ici.

Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:40

Manuel d'utilisation de l'application HD4DP v1

Manuel d'utilisation de l'application HD4DP v1

Un manuel d'utilisation complet, destiné tant aux organismes de soins de santé participants qu'à leurs fournisseurs de services informatiques, est disponible sur le portail de documentation de HD : https://docs.healthdata.be/hd4dp-v1.

Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:42

Demander un compte pour HD4DP v1

Demander un compte pour HD4DP v1

To access the HD4DP v1 application, you need an account, a username and a password. If you do not have an account, you can request one by following the steps below. If you have an account, follow the instructions under “Sign In” at the end of this page.

  • Open the link for the HD4DP v1 application. You will see the screen below.

    Please contact your IT department to obtain the link of the HD4DP v1 application on the server of your organization. In case you could not be further helped, you can contact healthdata.be at support.healthdata@sciensano.be to get the link. The link is specific in every organization based on the server on which the HD4DP application is running.
  • Click on the Request account link on the login page.
  • Fill out the request form:
    • Enter a username, first name, last name and e-mail address
    • Select the organization and data collection(s)
    • Fill in the Requester e-mail field if a person requests an account for a third person
    • Submit the request using the Request button 
  • Confirmation e-mails are sent to the person for whom the account was requested as well as the requester, if the field "Requester e-mail" was filled.
  • The approval or rejection for the user account is confirmed by mail. Depending on your organization, this could take a few hours.
    • This action will be done by an HD4DP v1 administrator in your organization 
    • The confirmation mail will include all the necessary information to log in

Sign in

Logging in to the HD4DP v1 application is done in 3 steps:

  • Enter your username and password​ in the appropriate fields
  • Select the correct organization
  • Click on "Log in"
Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:52

Créer un enregistrement dans HD4DP v1

Créer un enregistrement dans HD4DP v1

L'onglet Enregistrements conduit l'utilisateur aux registres existants. Un utilisateur peut commencer à collecter des données à partir de cet onglet.

La création et la soumission d'un enregistrement se fait en 4 étapes :

  • Sélectionnez le registre pour créer un enregistrement

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Cliquez sur le bouton « Nouvel enregistrement »
  • Remplissez le formulaire d'enregistrement et sauvez ou envoyez l'enregistrement
  • Sauvegardez l'enregistrement temporairement si nécessaire. Le statut de l'enregistrement sera « Ouvert » pour les enregistrements sauvegardés
  • Soumettez l'enregistrement si aucune erreur de validation n'est présente. Le statut de l'enregistrement deviendra « Envoi en cours »
  • Lorsque l'enregistrement a été traité, le statut devient « Envoyé »

Dès qu'un enregistrement est envoyé, la colonne « statut de confirmation » affiche « Pending ».

  • Il affiche « OK » lorsque l'enregistrement est arrivé, et « NOK » si l'enregistrement n'est pas arrivé dans les 48 heures. Si le statut est « NOK », le logiciel essaiera automatiquement de renvoyer l'enregistrement jusqu'à 10 jours après la soumission initiale.
  • Pour les statuts « Envoi en cours », « Corrections nécessaires » et « Approuvé », le statut de confirmation sera vide car l'enregistrement n'a pas encore été soumis.
  • Un enregistrement peut être « Réouvert » si nécessaire, tant que le statut de l'enregistrement est « Envoyé ».
Adelaide.DAmore lun 02/12/2024 - 14:25

Modifier un enregistrement dans HD4DP v1

Modifier un enregistrement dans HD4DP v1

Un utilisateur peut modifier et compléter un enregistrement en 4 étapes :

  • Sélectionnez le registre pour lequel vous souhaitez modifier un ou plusieurs enregistrement(s)

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Cliquez sur l'enregistrement qui doit être modifié et remplissez le formulaire. Le statut du dossier sera :
    • « Ouvert » pour les enregistrements qui ont été sauvegardés manuellement ou en téléchargeant un CSV
    • « Corrections nécessaires » pour les enregistrements comportant des erreurs
  • Sauvegardez l'enregistrement temporairement si nécessaire. Le statut de l'enregistrement sera « Ouvert » pour les enregistrements sauvegardés
  • Soumettez l'enregistrement si aucune erreur de validation n'est présente
    • L'état de l'enregistrement passe à « Envoi en cours »
  • Lorsque l'enregistrement a été traité, le statut devient « Envoyé »

Dès qu'un enregistrement est envoyé, la colonne « statut de confirmation » affiche « Pending ».

  • Il affiche « OK » lorsque l'enregistrement est arrivé, et « NOK » si l'enregistrement n'est pas arrivé dans les 48 heures. Si le statut est « NOK », le logiciel essaiera automatiquement de renvoyer l'enregistrement jusqu'à 10 jours après la soumission initiale.
  • Pour les statuts « Envoi en cours », « Corrections nécessaires » et « Approuvé », le statut de confirmation sera vide car l'enregistrement n'a pas encore été soumis.
  • Un enregistrement peut être « Réouvert » si nécessaire, tant que le statut de l'enregistrement est « Envoyé ».
Adelaide.DAmore lun 02/12/2024 - 14:25

Supprimer un enregistrement dans HD4DP v1

Supprimer un enregistrement dans HD4DP v1

Seuls les enregistrements qui sont dans le statut « ouvert » et « corrections nécessaires » peuvent être supprimés.

Les étapes suivantes sont nécessaires pour supprimer l'enregistrement :

  • Sélectionnez le registre et la version pour lesquels vous devez supprimer un enregistrement

(La documentation ci-dessous comprend des exemples de captures d'écran génériques conçus uniquement pour illustrer le processus, quel que soit le registre concerné).

  • Sélectionnez l'/les enregistrement(s) que vous souhaitez supprimer
  • Sélectionnez le bouton « Actions » et choisissez l'option « Supprimer enregistrements »
  • Sélectionnez « oui » pour confirmer
Adelaide.DAmore lun 02/12/2024 - 14:26

Manuel technique de l'application HD4DP v1

Manuel technique de l'application HD4DP v1 Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:53

Téléchargement de CSV dans HD4DP v1

Téléchargement de CSV dans HD4DP v1

Le contenu de cette page n'est disponible qu'en anglais. Sélectionnez le bouton de la langue EN dans le coin supérieur droit de l'écran pour le consulter.

Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:53

Créer un fichier CSV pour HD4DP v1

Créer un fichier CSV pour HD4DP v1

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Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 14:53

Téléchargement de CSV de séquences nucléotidiques

Téléchargement de CSV de séquences nucléotidiques

Le contenu de cette page n'est disponible qu'en anglais. Sélectionnez le bouton de la langue EN dans le coin supérieur droit de l'écran pour le consulter.

Adelaide.DAmore lun 19/05/2025 - 14:41

Service de support de healthdata.be

Service de support de healthdata.be

Le Service Desk de healthdata.be (Sciensano) aide les utilisateurs de nos applications et services et traite les demandes et problèmes lorsqu'ils surviennent.

Le Service Desk se concentre sur les services gérés par nos services informatiques (HD4DP, HD4RES, healthstat.be,…) et vous aide avec les comptes et les mots de passe. Pour toute question sur le contenu et les objectifs des projets, nous vous invitons à vous adresser aux organismes de recherche responsables.

Pour un traitement plus efficace de votre demande, nous vous conseillons d'utiliser notre portail de services : https://sciensano.service-now.com/sp.

Veuillez trouver ci-dessous les heures d'ouverture de notre service de support :

Adelaide.DAmore ven 07/06/2024 - 12:21

Comment signaler un incident

Comment signaler un incident

Le service healthdata.be (Sciensano) traite chaque rapport d'incident selon une procédure opérationnelle standard (POS). Une version publique de cette POS « HD Incident Management Process » est également disponible sur ce portail : docs.healthdata.be.

Pour soumettre un incident lié aux projets et applications en production, et facilités ou gérés par le service healthdata.be de Sciensano, vous devez d'abord vous connecter au portail Services et Support de HD.

Après l'étape de connexion, vous arriverez sur la page principale du portail.

Sur la page principale, vous devez sélectionner « Obtenir de l'aide ».

Adelaide.DAmore ven 07/06/2024 - 12:22

Comment faire une demande d'information sur HD

Comment faire une demande d'information sur HD

Pour soumettre une demande sur la plateforme healthdata.be, vous devez d'abord vous connecter au portail Services et Support de HD: Jira Service management (JSM) portal.

Après l'étape de connexion, vous arriverez sur la page principale du portail.

Sur la page principale, vous devez sélectionner « Demander quelque chose ».

Bart.Servaes ven 07/06/2024 - 12:22

Politique de sécurité des e-mails

Politique de sécurité des e-mails

QUEL EST LE PROBLÈME ?

Nous bloquons les e-mails de votre organisation parce que la configuration de vos services de messagerie et/ou de DNS peut permettre aux spammeurs/pirates informatiques d'en abuser. Plus précisément, votre configuration actuelle permet à d'autres expéditeurs d'usurper l'identité de votre organisation en leur permettant d'imiter le « Header From» de l'e-mail de votre organisation.

En d'autres termes, ils peuvent envoyer des messages de phishing et de spam qu'il est impossible de distinguer des e-mails authentiques de votre organisation.

Si vous êtes responsable de la gestion de votre infrastructure TIC, lisez ce qui suit. Sinon, transmettez ce message à votre département TIC ou au service TIC qui gère votre infrastructure TIC.

COMMENT RÉSOUDRE LE PROBLÈME ?

Vous devez vérifier que votre configuration répond aux exigences de sécurité du « Sender Alignment ». Plus précisément, vos services de messagerie et votre DNS doivent être configurés conformément aux normes TIC.

Ces configurations sont courantes, bien documentées et prises en charge par les hébergeurs :

Nous avons constaté que ce problème est fréquent dans les organisations qui ont déplacé leur infrastructure TIC vers des services en Cloud tels que Microsoft (O365), Amazon, Google et MS Azure sans configurer correctement l'infrastructure TIC (qui n'est pas gérée par ces fournisseurs).

Les configurations et les recommandations doivent être mises en œuvre sur l'infrastructure TIC du client, qu'elle soit interne ou externe. Les DNS et les services de messagerie sont les principales plateformes TIC pour ces actions.

L'UTILISATION DE DIFFÉRENTS DOMAINES LORS DE L'ENVOI D'E-MAILS

Les e-mails contiennent une « Envelope From » et un « Header From ». Les deux doivent correspondre pour éviter que l'e-mail ne soit bloqué.

Quelques exemples :

1. Un service public utilise son nouveau nom de domaine dans le « Header From » en son ancien nom de domaine dans l'« Envelope From ».

  • Envelope From = noreply@publicservice.fgov.be
  • Header From = noreply@publicservice.belgium.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

Remarque : Comme il s'agit d'une adresse « noreply », l'expéditeur ne remarquera même pas que l'e-mail est rejeté.

2. Une organisation utilise un service Cloud (Freshservice) pour son outil d'assistance et l'« Envelope From » n'a pas été modifié.

• Envelope From = bounces+us.3.52773-helpdesk=organisation.be@emailus.freshservice.com
• Header From = helpdesk@organisation.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

3. Une entreprise utilise un service Cloud (Amazon SES) pour envoyer la notification de l'envoi et « Envelope From » n'a pas été modifié.

  • Envelope From = 01020188573f374-96de6437-9134-45f4-8aa6-3e9ac18d5848-000000@euwest-1.amazonses.com
  • Header From = noreply@company.be

➔ Ces e-mails seront bloqués.

Jonas.VanBussel ven 04/08/2023 - 11:22

Notes de publication

Notes de publication Adelaide.DAmore mar 14/05/2024 - 15:15